chipBase:转录因子调控网络数据

chipBase:转录因子调控网络数据欢迎关注”生信修炼手册”!chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据,通过对这些原始数据进行分析,致力于构建各种转录因子与非编码RNA,蛋白编码基因之间…

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chipBase收集来自GEO,ENCODE数据库中的chip_seq数据,通过对这些原始数据进行分析,致力于构建各种转录因子与非编码RNA, 蛋白编码基因之间的调控网络,网址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/

数据库构建的流程如下

chipBase:转录因子调控网络数据

首先对来自10个物种一万多个样本的chip_seq数据进行分析,通过peak caling得到转录因子在基因组上的结合区域,同时提供了UCSC基因组浏览器可视化和motif分析。通过peak区域与各种非编码RNA, 蛋白编码基因的距离,预测对应的靶基因。

最后根据来自TCGA数据库和GTEx项目约2万例样本的转录组结果,对转录因子和调控基因的相关性进行分析。该网站提供了以下几个主要功能

1. 查看转录因子和基因间的调控网络

提供了转录因子与非编码RNA和蛋白编码基因之间的调控关系,以lncRNA为例,检索框如下

chipBase:转录因子调控网络数据

首先确定感兴趣的转录因子,然后选择对应的数据集,再选择靶基因筛选的范围,最终确定转录因子潜在的靶基因,结果示意如下

chipBase:转录因子调控网络数据

2. Regulator

输入感兴趣的基因,查看有哪些转录因子可能调控该基因,以TP53为例,示意如下

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点击factor可以查看对应的详细结果,示意如下

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3.  Chip-Function

对靶基因进行GO富集分析,检索框示意如下

chipBase:转录因子调控网络数据

结果如下所示

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4. Co-Expression

分析转录因子和基因表达量的相关性,示意如下

chipBase:转录因子调控网络数据

点击每个数据集可以查看相关性分析的可视化结果,如下图所示

chipBase:转录因子调控网络数据

通过chip_base, 可以方便的查看转录因子与基因间的调控关系,还可以进一步结合转录组的共表达分析对结果进行筛选。

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