2020.10.21【R语言】丨 undefined columns selected 问题解决办法「建议收藏」

大家好，欢迎来到IT知识分享网。

• 最近做RNA-seq项目的时候准备用R的boxplot()工具画一个各个样品的箱线统计图。
• 然而，在运行脚本后报错

  • Error in `[.data.frame`(fpkm, , c("MB7409-A", "MB7409-B", "MB7409-C", :
    undefined columns selected
    Calls: [ -> [.data.frame
    Execution halted

• 抓取数据列的命令哪里错了呢？
• 
• 打开输入的数据框和脚本做对比
  • 数据是这样的
  • 获取数据列的脚本是这样的
• 对需要比较的数据列输入应该是正确的，但是为什么会报错？别急，我们用R读取文件后再看看
  • 如图所示
• 表头的样品名称里的符号“-”居然变成了“.”
• 
• 原来，特殊符号（如：-、(、？、%等）不能直接被read.table（）识别，两个方法：
  • 一个是根据读取文本修改读取列
  • 第二个是可以在read.table（）增加check.names=F，避免符号被修改
• 于是，将脚本重新修改，脚本正常运行，得到箱线图
• 
• 技巧总结：
  • 1.遇到undefined columns selected 的问题一定是获取列的文本与数据列不对应
  • 2.眼见也不一定为实
    • 特殊符号需要敏感，尽量不要使用特殊符号命名样品；
    • 受兼容性影响，在windows系统生成的文本，在记事本中很多异常符号是显示不出来，可能在liunx系统里不支持（如空格，回车符等）；
    • 2021.10.19补充：对于列名，纯数字输入默认会加X，如果设置check.names=F，尽管只显示数字，但仍然是字符串形式，而不是数字。因此，在调取列名的时候需要以字符串形式调用。
• 欢迎进群讨论RNA-seq流程相关问题，遇见二维码过期可添加VX：bbplayer2021 ，备注 申请加入生信交流群。
•