miRNA数据库篇——MISIM:mircoRNA功能相似性数据库

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MISIM:mircoRNA 功能相似性查询数据库

MISIM是一个可以用来预测miRNA之间功能相似性的数据库。

http://www.lirmed.com/misim/Home

如上图所示，MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA，比较miRNA之间的相似性。另外一个是输入一个miRNA，寻找和这个miRNA功能相似的miRNA。剩下的三个是用来预测miRNA和疾病之间相似性的数据库。

MISIM 2.0的数据基于HMDD v3.0数据库和miRBase(版本22.1)的miRNA-disease数据进行整理。目前，MISIM v2.0包含14250个miRNA-疾病关联，包括1044个miRNA和613种疾病，以及TAM 2.0的547个miRNA集。

数据库的miRNA功能相似性计算方法：

Wang D, Wang, J, Lu M, Song F, and Cui Q. Inferring the human microRNA functional similarity and functional network based on microRNA-associated diseases. Bioinformatics 2010 26: 1644-1650. doi:10.1093/bioinformatics/btq241

由于这个数据库为miRNA功能相似性数据库，所以只介绍miRNA功能相似性查询的功能

输入

在候选miRNA之间相互比较的数据库当中，

1. 我们需要输入一系列的候选miRNA。需要注意的是，这些miRNA是前体miRNA而不是成熟的miRNA。
2. 选择是否考虑其上下调的关系。

输出

点击submit后我们可以得到各个miRNA之间的相似性结果。

同时结果当中也提供了对于各个miRNA之间的相互作用网络。我们点击Show Network就可以得到miRNA之间的相互作用关系图

另外点击Functional Enrichment可以得到其中的富集分析结果。这个富集分析的结果和我们传统意义上的富集分析是不一样的。一个是富集分析输入的miRNA和哪些miRNA有关。另外一个是富集分析输入的miRNA和哪些疾病有关。

下载

在数据库当中也提供了Download的选项。提供了源码，可以下载数据库的所有数据来进行数据的DIY