ubuntu 安装 conda

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ubuntu 安装 conda

ubuntu安装 conda

• 下载地址，访问清华镜像。 windows下载 exe安装文件， linux下载 sh安装文件

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/

• 执行脚本

sh ./Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh # 如果报错：bunzip2: not found apt-get install bzip2 # 然后一路yes 

• 刷新当前用户环境（激活环境）

source ~/.bashrc 

• 验证安装成功

conda -V 

• 添加国内镜像源

conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/> conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/> conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/> conda config --add channels <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/> # 编辑文件 ~/.pip/pip.conf cat > ~/.pip/pip.conf # 文件内容 [global] index-url = <https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple> [install] trusted-host = <https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn> # 查看已添加镜像源 conda config --get channels # 恢复默认镜像源 conda config --remove-key channels # ctrl + D 结束编辑 

常用 conda 命令

# 创建环境 # 根据目录名添加环境到默认路径 conda create -n your_env_name python=3.8 # 指定路径添加环境，需要管理员权限 conda create -p /opt/Anaconda/anaconda3/envs/your_env_name python=3.8 # 查看环境列表（或者输入conda info --envs也是一样滴） conda env list # 删除环境 conda remove -n your_env_name --all conda env remove -n your_env_name # 重命名环境（将 --clone 后面的环境重命名成 -n 后面的名字） conda create -n torch --clone py3 # 将 py3 重命名为 torch # 创建完成环境之后，系统会提示如何 进入和退出环境，如下 conda activate your_env_name # 进入环境 conda deactivate # 退出环境 # 安装/删除库 conda install gatk conda install gatk=3.7 # 安装特定的版本: conda install -n your_env_name gatk # 将 gatk 安装都 指定your_env_name中 # 如果conda install慢可以考虑先进入指定环境，再用pip安装，例如如下命令 conda activate your_env_name pip install gatk # 搜索库 conda search gatk # 安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置： which gatk # 查看已安装的库 conda list conda list -n your_env_name # 查看 your_env_name 下的库 # 更新指定库: conda remove --name your_env_name gatk