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使用 bioMart 包获取数据库信息

通过 R 包获取数据库中的信息, 该数据库包括一下内容

以下内容参考网址¹

1.查找某个基因在染色体上的位置。反之，给定染色体每一区间，返回该区间的基因；

2.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的GO注释。反之，给定相关的GO注释，获取相关的EntrezGene的ID；

3.通过EntrezGene的ID查找到相关序列的上游100bp序列（可能包含启动子等调控元件）；

4.查找人类染色体上每一段区域中已知的SNPs；

5.给定一组的序列ID，获得其中具体的序列；

Step.01 Install Package

BiocManager::install("biomaRt")
install.packages('curl')

Step.02 Show Database

library("biomaRt")
library('curl')
listMarts()

Step.03 View Abstract

my_mart=useMart('ensembl')
dataset = listDatasets(my_mart)
grep('mm',dataset[,1],value = T)

Step.04 Choose species

mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")
##人类'hsapiens_gene_ensembl'
##小鼠'mmusculus_gene_ensembl'

Check input types

转换前的ID类型，如：

ENSG00000000003或ENMUSG000000003，属于类型为ensembl_gene_id；
ENST00000000233或ENMUST00000000233，属于类型为ensembl_transcript_id；
102178245，属于类型为entrezgene；
Hoxc13，属于类型为external_gene_name；
NM_000014，属于类型为refseq_mrna；
hsa-let-7a-1，属于类型为mirbase_id；

用listFilters()函数查看可选择的输入类型

Step.05 Use listAttributes check output types

要想知道biomaRt支持哪些ID类型的输出，可以通过以下命令查看，共支持3607种ID输出,这里只截取了一部分输出，一共有name和description两列

listAttributes(mart)

Step.06 getBM()

hg_symbols<- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','hgnc_symbol',"chromosome_name", "start_position","end_position", "band"), filters= 'ensembl_gene_id', gene = my_ensembl_gene_id, mart = mart)

这个函数有4个参数

attributers()里面的值为我们输出的ID类型
filters()里面的值为我们输入的ID类型
gene= 这个值就是我们要输入的数据
mart= 这个值是我们所选定的数据库的基因组

Step.07 Practice

setwd("C:/Users/Desktop/circRNA分析结果/find_circ_result自己分析结果")#设置working directory
gene_symbol<-read.csv("SFTSV_24vscontrol_circBase_anno.csv",header=F,stringsAsFactors = F)[,11]#读取数据并提取含有gene_symbol的列
library(biomaRt)
mart <- useMart("ensembl","hsapiens_gene_ensembl")##小鼠选择mmusculus_gene_ensembl
gene_id<-getBM(attributes=c("external_gene_name","ensembl_gene_id"),filters = "external_gene_name",values = gene_symbol, mart = mart)#将输入的filters设置未external_gene_name(也就是gene_symbol),将输出的attributes设置为external_gene_name和emsembl_gene_id
write.table(gene_id,"SFTSV_24vscontrol_circBase_anno_gene_id.txt",row.names = F,col.names=F,quote=F)