HGNC 数据库-人类基因组数据库「建议收藏」

HGNC 全称为HUGO Gene Nomenclature Committee, 叫做 HUGO基因命名委员会，负责对人类基因组上包括蛋白编码基因， ｎｃＲＮＡ基因，甲基因和其他基因在内的所有基因提供一个唯一的，标准的，可以广泛传播的symbol; 

数据库的主页为　http://www.genenames.org/

对于每个ｈｕｍａｎ的基因来说，在ＨＧＮＣ数据库中会有一个数字标识的唯一ＩＤ，　也会有一个唯一的ｓｙｍｂｏｌ，

ＨＣＮＣ数据库提供了免费下载的功能；

下载对应的链接，命令为

lftp -c "pget -n 20 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/new/tsv/hgnc_complete_set.txt"

查看下载内容，可以如下的字段信息,以第一行为例，解释下每个字段的含义：

后面的其他字段都是对应的其他数据库信息，在分析时，我们经常使用的就是基因的symbol, 对于human 来说， 这个symbol 就是来源于HGNC 数据库

以 “A1BG” 这个symbol 为例， 在NCBI的GENE 数据库中进行检索，结果如下：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1

可以看到official Symbol 来源于HGNC 数据库，对应的HGNC数据库中的ID为5，其他的信息也能够和HGNC数据库中的进行对应；

对于整个HGNC 数据库来说，和其他数据库的链接也为我们的研究提供了遍历，对于不同类型的基因，提供的参考数据库也不一样；

1）蛋白编码基因

对于蛋白编码基因来说，HGNC提供了其编码的蛋白质在uniprot 数据库中的ID， eg

“A1BG” 编码的蛋白质在uniprot 数据库中的ID 为 P04217；

2) lncRNA 基因

对于lncRNA 基因而言，HCNC 提供了lncRNAdb 中的相关信息, eg

“TP53COR1” 对应的lncRNAdb 数据库中的ID为 “lincRNA-p21”

3）microRNA 基因

对于microRNA 基因而言，HGNC提供了mirbase 数据库中的信息 eg

“MIR1-1″ 对应的mirbase 数据库中的ID为”MI0000651”

上述只是对研究的较多的几种基因给出了相关说明，其实还有很多其他类型的基因，给出的参考信息也是类似的