targetscan数据库教程_circRNA数据库

targetscan数据库教程_circRNA数据库TargetScan是一个miRNA靶基因预测的网站,包括了人,小鼠,果蝇,线虫,斑马鱼共5个物种的miRNA靶基因结果,人:TargetScanHuman小鼠:TargetScanMouse果蝇:TargetScanFly线虫:TargetScanWorm斑马鱼

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TargetScan 是一个miRNA 靶基因预测的网站, 包括了 人, 小鼠,果蝇 , 线虫, 斑马鱼 共5个物种的miRNA 靶基因结果,

人 : TargetScanHuman

小鼠 :TargetScanMouse

果蝇:TargetScanFly

线虫:TargetScanWorm

斑马鱼 : TargetScanFish

以human 为例,进行说明,网址如下:

   http://www.targetscan.org/vert_71/

最新版本为release 7.1, 2016年6月更新,在该数据库中,提供了多种哺乳动物的miRNA 靶基因预测结果:

1)Human : 人

2) Mouse : 小鼠

3) Rat : 大鼠

4) Cow : 牛

5) Dog : 狗

6) Chicken : 鸡

7) Frog : 青蛙

8) Opossum : 负鼠

9) RHesus : 猕猴

10 ) Chimpanzee : 黑猩猩

对于miRNA 和 转录本结合为位点的保守性,TargetScan 提出来以下几种模型:

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