常用网站介绍|研究RNA与靶基因互作的绝赞数据库：Starbase（一）

上期主要介绍了STRING的使用方法。本期将介绍研究RNA与靶基因互作的常用网站Starbase。

Starbase是一个专注于RNA互作组的数据库，提供了miRNA靶标、RNA-RNA相互作用、ceRNA调控网络和RNA与蛋白结合信息等多种数据类型。

进入官网（http://starbase.sysu.edu.cn/），主页如下所示，最上方菜单栏中包含以下模块。

MiRNA-Target：该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因，以及两者的结合位点。

Degradome-RNA：该模块专门用于分析RNA的降解模式，主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序，从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。

RNA-RNA：该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。

ceRNA-Network：本模块提供3个子模块，即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA和 pseudogene-ceRNA，用于可视化和分析竞争性内源RNA（ceRNA）网络。

RBP-Target：该功能模块为目前可用的各种细胞类型提供了最完整的 RBP-ncRNA 相互作用。

RBP-Motif：展示基于CLIP-seq数据搜集到的RNA结合蛋白（RBP）的motif信息。

RBP-Disease：主要展示RNA结合蛋白（RBP）与疾病之间的关联。

Pathway：允许用户通过整合多维度的证据来预测miRNA的靶基因，并对这些靶基因的功能进行注释。

Pan-Cancer：研究泛癌症网络的工具，它通过分析来自32种癌症类型的10159个RNA-seq和9925个miRNA-seq样本的表达图谱，整合来自TCGA项目的数据。

本期将主要介绍miRNA-Target，该模块提供 miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-pseudogene、miRNA-circRNA 和 miRNA-sncRNA 五种的相互作用网络。

这里小编以miRNA-mRNA为例说明该模块的使用方法，其他类型的靶基因以此类推。该模块仅含有人和小鼠两个物种，首先选择物种，在Assembly中查看基因组版本；接着在microRNA中输入或选择目的miRNA，这里小编选择了hsa-miR-1-3p进行预测；其余选项可根据实验目的调整，如：CLIP Data 可以调整支持 CLIP-seq 实验的次数以控制预测的严格性，Program Number 选择实验数目，Predicted Program 可以选择使用哪些预测数据库来进行预测等等；最后点击submit获取预测结果。

miRNA-mRNA结合位点预测结果如下：

1：网页左侧菜单栏设置内容。

2：预测结果下载格式。

3：搜索某个mRNA是否与目的miRNA结合。

4：目的miRNA。

5：预测与目的miRNA结合的所有mRNA。

6：7个数据库的预测结果。

7：TDMD（Target-directed miRNA degradation）即靶基因引起的miRNA降解，TDMDScore越高，表明靶基因越可能触发TDMD。

8：支持某个miRNA与mRNA相互作用的Argonaute (Ago) CLIP-Seq实验数量。

9：支持miRNA与其靶mRNA发生相互作用并导致mRNA被切割的实验数量。

10：phylogenetic P-value，即来自不同物种的同源基因之间的进化保守性得分，分数越高，miRNA靶位点的保守性越高。

11：对来自32种不同癌症类型的转录组数据进行的泛癌症分析。可查看特定miRNA与其靶基因在相关肿瘤疾病中的正负相关性。

在7个数据库的预测结果中，蓝色方块代表预测无结合位点，黄色方块代表预测有结合位点。每个方块由3个数字组成，中括号外的数字代表结合位点数量，中括号中前一个数字为Ago CLIP-seq支持的结合位点数，后一个数字为降解组测序支持的结合位点数。点击黄色方块即可查看具体结合位点（见下图）。

TargetRegion：两者结合位点对应的mRNA的序列位置。

Type：结合类型。根据miRNA的种子序列与靶基因的互补程度，结合位点被分为不同的类型，包括8mer、8mer-A1、7mer-m8、7mer-A1和6mer等。上图中7mer-m8表示miRNA的种子序列即5’端第2到第8个碱基与mRNA之间形成7个碱基的完全互补。其他几种类型代表含义如下：

8mer：miRNA与mRNA之间形成8个碱基的完全互补，其中包含种子序列。

8mer-A1：miRNA与mRNA之间形成8个碱基的完全互补，其中包含种子序列，且mRNA上第9个碱基为A。

7mer-A1：种子序列与mRNA之间形成7个碱基的完全互补，且mRNA上第8个碱基为A。

6mer：指的是miRNA的种子区域（5’端第2到第7个碱基）与靶mRNA之间形成的6个碱基的互补配对。

通常认为8mer、8mer-A1和7mer-m8的结合类型具有较高的结合可能性和特异性。

本期主要介绍了miRNA-Target模块的使用方法，下期将继续介绍其他模块的使用方法，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

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