杂交富集数据揭示忍冬亚属深层演化关系

近日，Molecular Phylogenetics and Evolution 在线发表了海南大学热带作物学院王华锋教授团队与美国史密森研究院Jun Wen教授、美国明尼苏达大学Diego F. Morales-Briones博士、美国康奈尔大学Jacob B. Landis博士合作的研究论文“Target sequence capture data shed light on the deeper evolutionary relationships of subgenus Chamaecerasus in Lonicera (Caprifoliaceae)”，本研究通过杂交富集测序数据揭示了忍冬亚属(Chamaecerasus)内的深层系统关系，本研究得到国家自然科学基金()等项目的资助，MPE是中科院一区Top期刊，IF5.019。王华锋教授为通讯作者，孙庆惠为第一作者。

忍冬属下分类存争议

自Linnaeus（1753）建立忍冬属以来，该属的分类体系历史上一直存在争议，尤其是在属下分类方面。Maximowicz（1877）率先针对亚洲忍冬属植物的进行分类修订，并将该属细分为三个亚属：Caprifolium Tourn.Maxim，Chamaecerasus （Tourn）Maxim和Xylostron （Tourn.） Maxim。随后，Rehder（1903，1913）将忍冬属植物分为三个亚属：Chamaecerasus （L.）Rehder （包括Xylostron （Tourn.） Maxim和Chamaecerasus （L.）Rehder和Periclymenum（L.）Rehder（= Caprifolium）。在该分类体系中，忍冬亚属进一步分为4个组和20个亚组。

Nakai（1938）将日本忍冬属植物分为15个组和8个亚组。Hara（1983）在Maximowicz和Rehder的基础上对Nakai的系统进行修改，分为两个亚属：Lonicera 和 Caprifolium （Mill.） Dippel与四个组：Isika （Anderson） Rehder，Caeruleae （Rehder） Nakai，Lonicera和Nintooa （Sweet） Maxim和5个亚组 Ohba（1993）从根本上和Hara（1983）的分类一致，并将日本忍冬属分为四个组。

Hsu and Wang（1988）提出了一种针对中国忍冬属植物的新分类系统。他们在Rehder的分类基础上对一些亚组进行修订，将忍冬属分为两个亚属分别为：忍冬亚属和轮花亚属，忍冬亚属分成4个组和12个亚组。在Flora of China中，Yang et al. （2011）未对忍冬属下分类处理，林秦文和李晓东(2021)对我国的忍冬属栽培植物进行了梳理。

(A) L. macrantha（D.Don）Spreng (Nintooa);

(B) L. japonica Thunb. (Nintooa);

(C) L. hypoglauca Miq. (Nintooa);

(D) L. confusa DC. (Nintooa);

(E) L. reticulata Champ. (Nintooa);

(F) L. fragrantissima Lindl. & J. Paxton (Isika);

(G) L. gynochlamydea Hemsl. (Isika);

(H) L. fragrantissima var. lancifolia Lindl. & J. Paxton (Isika);

(I) L. hispida Pall. ex Schult. (Isika);

(J) L. maackii (Rupr.) Maxim. (Coeloxylosteum);

(K) L. tatarica L. (Coeloxylosteum);

(L) L. rupicola Hook. f. & Thomson (Isoxylosteum).

坚实的系统发育框架是探讨物种进化历史和物种形成机制的前提和基础。早期的分子系统学研究，由于材料来源、物种代表性及研究方法的局限性，无法解决忍冬属属下系统发育关系及进化历史（Nakaji et al.，2015）。大部分系统发育研究仅基于少数叶绿体片断或ITS对几个忍冬样本的测序结果。本研究对37份忍冬属植物进行了取样，包括忍冬亚属的4个组和6个外类群，利用杂交富集和浅层基因组测序产生的和核基因数据和叶绿体数据，构建忍冬属系统发育树，包括核基因串联树、核基因物种树和叶绿体全基因树。我们发现忍冬亚属内存在广泛的核质不一致，核基因和叶绿体系统发育分析都支持忍冬亚属与轮花亚属为姊妹类群。在忍冬亚属中，支持直管组和空枝组的单系性，而囊管组和忍冬组为多系。

根据核基因和叶绿体的系统关系，我们建议将蓝叶忍冬Lonicera korolkowii归并到空枝组，将蓝果忍冬Lonicera caerulea归并到忍冬组。另外，忍冬属植物估计起源于渐新世中期(26.45 Ma)。忍冬组的干群年龄为17.09 Ma(95%HPD:13.30-24.45)。轮花亚属干群年龄估计为16.35 Ma(95%HPD:14.12-23.66)。祖先分布区重建表明忍冬亚属原产东亚和中亚，空枝组和忍冬组起源东亚，随后扩散到其他地区，亚洲内陆干旱化可能促进该地区空枝组和忍冬组快速辐射演化。

此外，我们的生物地理学分析完全支持白令海峡和北大西洋陆桥关于北半球洲际迁移的假说。总的来说，这一工作较好地解决了忍冬亚属内主要分支之间的深层系统关系，特别是忍冬亚属内目前公认的四个组间的关系，也为忍冬亚属的分类复杂分支和物种形成提供新见解。

感谢合作者和审稿人

在经历了接近一年的时间，我终于把自己的文章发表在这个期刊上。这一年的过程中，我不断地修改和返修文章，花费了大量的时间和精力。但是，我深刻地意识到，只有不断努力和追求卓越，才能实现自己的目标和梦想。在整个过程中，编辑和审稿人给了我很多机会和建议。他们的专业知识和耐心指导帮助我不断地改进文章，让它更加符合学术标准和期刊要求，我要向他们表达我最真诚的感谢和敬意。

同时，我也要感谢感谢王华锋教授，实验室的师兄、师弟师妹们的支持和帮助，感谢美国史密森研究院自然历史博物馆Jun Wen教授、美国明尼苏达大学Diego F. Morales-Briones博士、美国康奈尔大学Jacob B. Landis博士的支持和帮助。在这个过程中，他们提供了很多帮助和意见，让我更加深入地理解研究对象和问题，他们的贡献和支持是我完成这篇文章的重要动力，非常感谢他们对我的信任和支持。

在这个过程中，我深刻地认识到，时间是非常宝贵和有限的资源。只有善于利用时间和提高效率，才能更好地完成工作和实现目标。同时，我们也要学会向别人寻求帮助和支持，让自己变得更强大和成功。

总的来说，这一年的经历让让我更加坚信只要不断努力和追求卓越，就一定能够实现自己的梦想和目标。同时，我也要感谢身边的人们，是他们让我成为了今天的自己，我会继续努力，不断学习和成长，让自己更加优秀和出色。同时，我也要向那些在我成长路上给予我帮助和支持的人们表达最真挚的感谢和敬意。只有与他们共同努力，才能让我们变得更加强大和成功。

再次祝贺博士生孙庆惠的文章被MPE接受，中科院一区Top期刊，IF5.019，去年她还在Annals of Botany上发表文章，预祝明年顺利毕业，致敬编辑和审稿人的建设性评论！

主要参考文献：

Landrein S, Buerki S, Wang HF, Clarkson JJ. 2017. Untangling the reticulate history of species complexes and horticultural breeds in Abelia (Caprifoliaceae). Annals of Botany 120: 257-269.

Landrein S, Farjon A. 2020. A monograph of Caprifoliaceae: Linnaeeae. Kew Bulletin 74: 1-197.

Sun QH, Morales‐Briones DF, Wang HX, Landis JB, Wen J, Wang HF*. 2021. Phylogenomic analyses of the East Asian endemic Abelia (Caprifoliaceae) shed insights into the temporal and spatial diversification history with widespread hybridization. Annals of Botany. 129, 201–216.

Wang HF, Landrein S, Dong WP, Nie ZL, Kondo K, Funamoto T, Wen J, Zhou SL. 2015. Molecular phylogeny and biogeographic diversification of Linnaeoideae (Carprifoliaceae s.l.) disjunctively distributed in Eurasia, North American and Mexico. PLoS One 10: e0.

Wang HX, Liu H, Moore MJ, Landrein S, Liu B, Zhu ZX, Wang HF. 2020a. Plastid phylogenomic insights into the evolution of the Caprifoliaceae s.l. (Dipsacales). Molecular Phylogenetics and Evolution 142: .

Wang HX, Moore MJ, Barrett RL, Landrein S, Sakaguchi S, Maki M, Wen J, Wang HF. 2020b. Plastome phylogenomic insights into the Sino-Japanese biogeography of Diabelia (Caprifoliaceae). Journal of Systematics and Evolution 58: 972-987.

Wang HX, Morales-Briones DF, Moore MJ, Wen J, Wang HF. 2021. A phylogenomic perspective on gene tree conflict and character evolution in Caprifoliaceae using target enrichment data, with Zabelioideae recognized as a new subfamily. Journal of Systematics and Evolution 59: 897-914.

王华锋教授作为川续断目分类成员之一，将为全球该类群统一的分类做贡献！世界植物志在线TENs是科水平的分类团体，目标是构建全球共识的植物分类体系，以支持全球植物保护战略。管理世界植物志在线数据的命名和分类等，整合与解答世界用户的分类数据和户外问题。https://about.worldfloraonline.org/tens/dipsacales-caprifoliaceae-viburnaceae