网络药理学&富集分析

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KEGG 和 GO 分析。

说说利用网页进行 KEGG 和 GO 的通用分析。

1. 常用的通用分析主要用到这两个数据库，下面这个数据库因用到耳语言，所以最常用的是下面这个，这就是网页的界面。

– 首先打开数据库，打开后是这样，这边有步骤，分三步。

→首先需上传一个基因的文件，可以选择文件或粘贴上去，所以要先对数据进行处理。

→打开上次的作图数据，选中基因 id，新建一个 excel，粘贴后删除重复项，保存。

→再打开网页，选择文件即表示上传好，或也可。

2. 下面是第二步，选择个性化，这边有通用化分析，一般选个性化分析，后面可选择所需的，点击 enrichment。

– 点开后，先把默认选中的取消，比如做 KEGG 分析，就把 KEGG 等三个选中即可，其他不选，就选这三个。

– 选中后点击分析，已在分析结果，需等一分钟左右，可显示进程，一般称百分之二十，上面参数一般不用修改，即表示分析好。

3. 在哪查看结果？在这里。

– 第一个是柱状图，可看到通路上的基因，如与癌症通路有关，下面是与白机解锁时期相关的信号通路等。这边是 pdf 版本，这边是基因 id，下面是通路的富集分析，有两个图，中间格式下载后可用 cut skip 打开。

→这边是 pdf 格式，蛋白蛋白相互作用的富集分析，这部分可用于做 ppi 网络。

– 怎么下载结果？这里有个凹音，所有东西在一个文件夹里，一般选这个或若只需一个 xl 表或 ppt，直接点这两个也可。

→先打开 ppt 看一下，点击下载，网页最大优势是把结果放 ppt 里，比如这张图是所需的，后面可能放文章里，还有其他图可自己打开看。

→回到原来位置，excel 表格也重要，这就是富集分析，一般来讲，比如通路过去，这边有些点可用来分析通路上的关键的点，然后用 catscap 作图等。

这就是 KEGG 的分析。而 GO 的分析一样，就不多做介绍，按相同步骤，只需勾选前三个式，go 的就行。

刚开始输入文件时，有上传文件或直接把之前粘贴过来的数据基因，所有基因粘贴到网页上也可分析，但粘贴可能适用于数量较小的，数量多最好做成 xl 表格上传。

今天的分享就到这，谢谢大家。