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在药物开发的奥秘领域中,ADME(Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion,即吸收、分布、代谢、排泄)数据库扮演着导航仪的角色,帮助我们洞悉药物在人体内的行进路径。
ADME数据库中蕴含的信息是多维度的。它们不仅包含了药物的物理化学性质,还涵盖了药物与生物体内各种生物分子的相互作用。这些数据对于预测药物的吸收、分布、代谢速率以及排泄途径至关重要。通过对这些关键参数的深入理解,药物开发者可以设计出更加有效的治疗方案,为患者带来更好的治疗效果。
本文盘点了8大药物ADME数据库,为各位药学、化学同行提供帮助,助力药物发现之旅。
1.DrugBank
DrugBank 是一个详尽的药品数据库,它不仅包含了药物的化学结构、名称、标识符等基本信息,还涵盖了药物的ADME属性、药物相互作用、靶标信息及药物作用机制。DrugBank的数据来源于广泛的科学文献,并通过专家的审核和整理,确保了信息的准确性和可靠性。它是一个综合性的资源,为药物研究人员提供了宝贵的数据支持。
网址:https://www.drugbank.ca/
2.MolAid:药物化学一体化平台
MolAid收录全球数以亿计的化学品数据,提供精准数据信息,包括物化性质、ADME性质、毒理性、反应、文献、晶体、谱图、安全等信息数据。支持查询化合物、了解物质性质、寻找购买信息、查询反应条件、设计反应路线、谱图查询、预测性质及谱图等,实现合成实验全场景覆盖。
网址:https://rxn.molaid.com/
3.ChEMBL
ChEMBL 由EMBL-EBI维护,是一个包含大量生物活性分子数据的宝库。用户可以通过ChEMBL查询药物的ADME相关信息,包括药物的吸收、分布、代谢和排泄数据,以及生物测定结果。ChEMBL的数据库结构设计精良,便于用户检索和分析,是药物发现领域的重要资源。
网址:https://www.ebi.ac.uk/chembl/
4.BindingDB
BindingDB 专注于药物靶点结合数据,它像一座灯塔,照亮了药物与生物靶点相互作用的暗礁。提供药物的亲和力信息,帮助科研人员理解药物如何在体内分布和发挥作用。BindingDB的数据来源于专利和科学文献,为药物设计和筛选提供了重要的参考。
网址:https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
5.PharmGKB
PharmGKB 是一家专注于药物遗传学和药物反应多态性的数据库。它提供了与药物代谢相关的遗传信息,帮助研究者和临床医生理解遗传因素如何影响个体对药物的反应。PharmGKB的数据对于个性化医疗和精准医疗具有重要意义。
网址:https://www.pharmgkb.org/
6.ADMET Predictor
ADMET Predictor 是一款强大的软件工具,它可以预测药物的ADME/T(毒性)属性。该软件可提供 140 多种吸收、分布、代谢、消除和毒性 (ADMET) 属性的估计值;软件可利用内部和公共数据来源,通过专有软件程序建立定量结构-属性关系 (QSAR/QSPR) 模型;具有可操作和可视化数据界面、同时根据共享支架对化合物库进行聚类、生成虚拟化合物库、为风险评估创建自定义规则、生成两个或多个结构之间最大公共子结构、生成对匹配分子的分析、生成和使用指纹分析结构的功能。这款工具能够帮助研究者在药物开发的早期阶段评估候选分子的生物利用度、溶解度、渗透性、代谢稳定性和毒性,是药物设计过程中不可或缺的助手。
网址:https://www.simulations-plus.com/products/admetpredictor/
7.SwissADME
SwissADME 是一个免费的Web服务,它像一把多功能的瑞士军刀,用于预测药物的ADME属性。SwissADME提供提供了一系列计算模型,包括溶解度、血浆蛋白结合、肝脏代谢、肾脏排泄和CYP450互作等,可以预测药物在人体内的吸收、分布、代谢和排泄过程,并评估其潜在的毒性和安全性。
网址:http://www.swissadme.ch/
8.ADMETlab 3.0
ADMETlab 3.0 是由DMPNN框架训练的高质量预测模型。用户可以方便和高效地进行21种物理化学性质、19种药物化学性质、34个ADME终点、36个毒性终点和8个毒理学规则(751个子结构)的计算和预测。ADMETlab 3.0是一个为药物化学家和研究人员提供预测和评估药物分子的ADMET特性的平台,以辅助药物设计和筛选过程,帮助科学家在药物研发过程中做出更明智的决策。
网址:https://admetlab3.scbdd.com/
如何查询某一化合物的详细ADME信息呢?
以上列举的数据库检索方式基本类似,下面就以MolAid数据库为例,来开启探索之旅。
首先在首页搜索检索的关键词,如‘乙醛’。
得到的结果页中,点击‘物质信息’进入详情页。
在详情页中,点击‘ADME’,就可以查看乙醛在各种环境条件下的吸收、分配、排泄和代谢的详细信息,还可查看每条信息的参考数据。如果你还想查看乙醛的物化性质、毒理性、反应、文献、晶体、谱图、安全等信息数据,可点击相应的板块直接查看。
结语
ADME数据库是药物研发领域中的一块基石。它们不仅为我们提供了深入理解药物行为的科学基础,还为创新药物的开发和个性化医疗的实现提供了强有力的支持。随着科技的不断进步,我们可以期待这些数据库在未来的药物研发中发挥更加重要的作用。
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