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目的
如题
脚本
import sys,os,re
def process_file(reader):
”’Open, read,and print a file”’
names=[]
index=0
dict={}
for line in reader:
if line.startswith(‘>’):
if index >=1:
names.append(line)
index =index+1
name=line[:-1]
seq = ”
else:
seq +=line[:-1]
dict[name]=seq
return dict
if __name__ == “__main__”:
input_file=open(sys.argv[1],”r”)
reader=input_file.readlines()
items=process_file(reader)
for key in items:
length=int(len(items[key]))
print(“%s\t%d” %(key,length))
input_file.close()
运行
将fasta序列放在脚本的相同目录下
在terminal输入代码
python stat_length.py HHGassembly.fasta > HHG.len &
结果
tab分隔
第一列是序列文件中contig/scaffold/chromosome的名字，带“>”符合
第二列是大小
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