普通PCR引物设计

普通PCR引物设计

PCR，全称Polymerase Chain Reaction，多聚酶链式反应。该反应是模拟生物体内的过程，以DNA为模板，通过引物与特定序列结合，在Taq DNA聚合酶的作用下扩增出目的序列。

为了扩增出目的序列，引物设计就成了重中之重。

按照教科书上，引物设计需要遵守各种条条框框，但在现实操作中，由于很多现实因素的影响，导致在设计时往往很难遵守各种规则。

引物设计软件较多，此次就以Primer Premier 5.0为例，简单介绍一下普通PCR引物的设计。

插入序列并点击primer

点击search

选择PCR primers，Type中选Pairs，在Sense Primer中输入上游引物目标位置，在Anti-Sense Primer中输入下游引物目标位置，在PCR Product Size中输入目的产物的大小，Primer Length 中输入引物长度，一般默认为20±2bp，再根据后续的情况进行更改。

设定完后点击ok。

再点击ok。

根据自己的目标去选择相应的引物。

例如，我想对全序列进行扩增，全长1500bp，最简单直接的方法就是在序列前后直接取一段的互补链作为引物，点击S就能看到上游引物，

点击A就能看到下游引物

看详细的信息就会发现上游引物的TM值远高于下游引物，这样就要对上游引物进行编辑。点击Edit Primier

编辑完后点prime，点ok。

点击红色Found，查看各项参数，引物自身二聚体，错配，引物二聚体都有，点开后发现product=0，就说明不会产生PCR产物，这种的一般就不用理会。ΔG的绝对值一般要小于12，但这个产物为零，所以没有影响。

保证上下游引物的TM值相差不要太大，就可以送合成了。